Ekeby oskiftade by, en av få i Sverige med bevarad medeltida byplan och ringgata, nämns tidigast i ett bytesbrev 1299. Från 1500-talet förfogade Ärkebiskopen över tre av byns gårdar, två var adelsägda. Arrendatorer brukade gårdarna, avkastningen gick till ärkebiskopens lön. Väderkvarnen på kullen invid byn byggdes 1807 och drevs till ca 1910. Uppsala stift äger än idag Ekeby by med jord och skog, utom det privatägda Lilla säteriet med dess smala tomt i byns nordvästra del, som varit adelsägt in på 1800-talet. Omkring 1950 hotades byn av rivning då stiftet ville tillmötesgå arrendatorernas önskemål om moderna jordbruksbyggnader. Efter kampanjer av forskare, antikvarier m.fl. räddades byn (ny arrendatorsgård uppfördes nordost om bytomten). 1997 förklarades hela byn, med väderkvarnen, som statligt byggnadsminne. Nu, 2018, finns ett fastboende hushåll kvar i Ekeby. Övriga gårdar är uthyrda som fritidsboenden, förutom Karlssongården i bytomtens östra hörn, vilken Vänge hembygdsförening disponerar som hembygdsgård.