Fâtih Sultan Mehmed tarafından İstanbul'un fethinin hemen arkasından yaptırılmıştır. Eyüp Camii 1766 depreminde büyük ölçüde harap olmuş, yapılan tamirlerin yeterli olmadığı anlaşılınca da, III Selim döneminde tümüyle yıkılarak 1798-1800 yıllarında yeniden yapılmıştır.