Il est difficile aujourd'hui de se rendre compte de l'importance de l'église d'origine. Car avant même le bâtiment actuel, il y avait eu une église datant de la fin du XIIème siècle. De cette époque il ne subsiste que deux témoins : le mur est de la tour-lanterne et les salles basses de la maison abbatiale.
A cette église primitive succède, dans le premier tiers du XIIIème siècle, l'église dont on voit les vestiges actuels. L’église affectait la forme de croix latine avec une nef à trois travées longue de 90 pieds (27,50m) et un chœur de quatre travées de 54 pieds (16m) sur 19 pieds de large (6m). A la jonction du chœur et de la nef se dressait une tour-lanterne à base carrée, surmontée d'une flèche octogonale en pierre, flanquée de quatre clochetons. Sa hauteur totale était de 80 pieds (24 m).
Des chapelles étaient disposées dans chacun des bras du transept : au sud, la chapelle de saint Thomas de Cantorbéry, au nord la chapelle dite « verte », en raison des moisissures qui couvraient les murs.